La Junta Directiva está integrada por madres y padres voluntarios-as propuestos por las propias AMPAs y elegidos por la Asamblea General. Su labor es la llevar a la práctica el plan de actividades y la adopción de aquellos acuerdos y decisiones que requiera el día a día de la gestión de la Federación, así como ejercer su representación.
La composición actual de la Junta Directiva es la siguiente:
| Presidente: | Imanol Andetxaga (Luis Eceiza LHI – Eskoriatza) |
| Vicepresidenta: | Eider Berazadi (Jakintza Ikastola LHI – Donostia) |
| Secretario: | Daniel González (Juan Zaragueta Herri Ikastetxea – Orio) |
| Tesorero: | Francisco Javier Arregui (Zuazola-Larraña BHI Institutua – Oñati) |
| Vocales: | Ainhoa Arrieta (Olaberria HLHI Herri Eskola – Olaberria), Iñaki Xabier Aizpuru (Azpeitiko Karmelo Etxegarai Ikastola LHI – Azpeitia), Silvestre Balerdi (Txingudi Ikastola LHI – Irun), Ángel Luis Fernández (Urkizu HLHI Herri Eskola – Eibar) |